方舟子的Blog

财务分析师寻正（廖俊林）恶补了几天分子生物学，摇身一变自称“生物化学内行”，居然也写起了关于DNA测序的“科普”文章来攻击我，而且还被号称面向中国科学家的网站推荐到头条。对此人不懂装懂的骗人、害人“科普”，此前我已揭露过很多次了，既然科学网对其“科普”如此看重，我们就来欣赏一下这个速成生物化学家是怎么“科普”测序的。

【寻正：《新华每日电讯》这样写道，桑格在1955年测了蛋白质的序，三年后获得了诺贝尔奖，他又在1977年测了DNA的序，三年后又获得了诺贝尔奖，两个“三年”显得很有气势，然而却是错的，当然不阅读原始文献或者说从未阅读过相关的原始或者二手文献，只是在网络上乱抄抄错的。】

错在哪里呢？寻正说，桑格在1953年完成的是牛胰岛素测序，而1955年完成的是牛胰岛素结构测定，所以我说“错”了。且慢，我在文章中是怎么说的？“1955年，桑格测定了第一种蛋白质（牛胰岛素）的序列和结构，3年后因此获得诺贝尔化学奖。”其中的“结构”两字被寻正化身疯狗给吃了？

【寻正：在桑格攻克DNA测序难关的同时，也有人采用他先前的强攻方式，用化学降解、片段分析与拼图的方式完成了DNA测序，但二者就思路与应用前景而言，不可同日而语，这是为什么桑格获得了诺贝尔奖而另外的同时发明DNA测序的人却被忽略的原因。】

    与桑格分享诺贝尔奖的，是差不多同时发明化学测序法的吉尔伯特，寻正想把诺贝尔奖的历史给改了？化学测序法在早期用得很多，后来虽然很少用，但是在我读博士的年代，碰到某些序列特别、难以用桑格准确测序的片段，还不得不用它。

【寻正：在DNA复制反应中加入一种双脱氧核苷酸（ddA、ddT、ddG、ddC），那么DNA合成的产品就会随机地终止对应编码的位置，桑格再用电泳把DNA复制链加以分离，就确定了相应的核苷酸位置。要准确读出四种编码的相对位置，桑格还得要同时进行四种反应，每一种反应加入不同的双脱氧核苷酸，同时终止反应，再把反应结果使用同一电压进行电泳，跑出四个并列的条带，然后可以逐个阅读DNA上的编码。】

按寻正的说法，桑格测序法要做都添加了双脱氧核苷酸的两次反应。这真是让做过桑格测序法的任何人都会看得莫名其妙，怎么双脱氧核苷酸还要用两次？那第二次是什么反应能保证“准确读出四种编码的相对位置”？显然寻正在恶补桑格测序法的时候补出了问题了。我猜测是因为在桑格测序法中，加了双脱氧核苷酸的溶液被称为“终止混合物”（Termination Mix），于是他望文生义以为那是来终止整个反应的，于是以为为了终止反应还得再加一次双脱氧核苷酸。他不明白，此处的“终止”指的是用来终止一次复制，而不是终止反应，要终止反应很简单，加上电泳负载缓冲液就可以了。寻正没做过测序，可能连别人做的都没看过，哪知道这些细节？于是在那里浮想联翩：“要准确读出四种编码的相对位置，桑格还得要同时进行四种反应……”

【寻正：在DNA复制的时候需要引物，在上面的例子中，第一个条带着不是只有一个ddG，而是引物加ddG。】

他以为测序胶上的第一条带是引物加ddG？测序胶怎么可能分辨那么小的片段。连测序胶都没见过吧？告诉你吧，那第一条带是比引物长得多的第一个可分辨的DNA片段。

然后寻正从英文维基的DNA Sequencing条目“编译”了一段DNA测序仪的发展历史，据此认定我本人只在生化课程中做过手工测序：

【寻正：回到《新华每日电讯》的科普上来，一位1990年才入学学生化的博士生居然宣称自己从阅读桑格最初采用的放射性同位素标记的测序胶获得了极大的满足，难道其所在大学在成本已经因为自动化测序而极大地降低的1990年代的中后期仍然坚守着放射线的阵地？那可是傻到了极点，一是这样的科研申请不会因为成本被批准，二是进入1990年代，研究者对放射线的警惕跟现在已经差不多了。该文作者可能只是在生化课程中做过手工测序的试验，在试验课中，老师当然只给一个DNA片段来手工测序加深印象，学生依此窥破了自然界的奥秘，实在是意外之喜。】

我大量地做测序是在1991～1994这几年，在寻正口中这竟然成了“1990年代的中后期”。在我读博士的时候，虽然自动测序仪已经有了，但是仍然很昂贵，最初系里没有，后来有了整个系也就那么一台，需要排队，把样品送过去可能几天甚至更长时间才给结果，所以大家仍然宁愿自己测序，因为第二天就能出结果了。只要在90年代早中期在分子实验室呆过的，都知道当时手工测序非常普遍。寻正说“研究者对放射线的警惕跟现在已经差不多了”，这也是从未进过分子生物学实验室的无稽之谈。即使在现在，测序用到的放射性同位素S35，哪个实验室不敢用了？我们实验室1992年发了一篇《Nature》论文，发表的是普遍转录因子RAP74基因序列，里面的每个核苷酸序列，都是我们实验室手工测定的，我在其中挂了名，原因也是因为参与了测序，难道靠的是生化课程的实验？我大概是1994年起才开始送样本去做自动测序，但是有时为了尽快知道结果，仍然自己做测序。

【寻正：《新华每日电讯》的编辑很明显又愚蠢了一回，因为作者在该文中自己就提出了引物的问题，引物是化学合成的已知核苷酸序列，按文章中的说法，桑格才发明了测序，引物又怎么会有已知序列了？作者自己就觉得无法自圆其说，还专门解释了一大堆，说测序要把待测序列插入已知序列中——但是，那另外已知序列又是从哪里来的？作者科唬的本质由此而知，他不懂DNA测序，更不懂桑格的工作。桑格进行他的DNA新法测序时，科学家已经通过蛮办法测定了一些DNA序列，还通过RNA聚合酶获取对应的RNA片段测序，从而推测出对应DNA序列，当然，更好用的是用限制性内切酶直接在DNA上切取一段做引物，你不需要知道引物序列，事实上，当初桑格大多用的就是这个笨办法。引物有好有坏，好的引物有许多条件，这是为什么现在测序都要设计引物，而在桑格发明之初，他还没有选择引物的条件。】

寻正质问到：那另外已知序列又是从哪里来的？其实我在文中对此回答得清清楚楚：“你可能会奇怪，还没测序呢，怎么知道引物的序列？这是因为要测序的DNA是用分子克隆技术插进载体DNA中的，载体DNA的序列是已知的，可以根据载体DNA序列设计引物，最后测序的结果实际上是前面有一段载体DNA序列，后面才是我们要的DNA序列。”哪一点他看不明白？因为他不懂什么叫载体DNA？在早期，人工合成引物不容易，所以采用取内切性限制酶片段当引物的方法。等到能轻易人工合成引物了，谁还用那种笨方法？

【寻正：该作者重复了多年前一个让人笑掉牙的错误，他认为DNA复制就是DNA聚合酶从染色体DNA链最远端慢条斯理地一个一个硷基地复制，直到另一端，如果以这种方式复制，细胞分裂一次需要数月乃至数年。】

我在哪个地方提到这种复制方式？寻正真得了妄想症了？

一个没有上过一门分子生物学课程，没有进过分子生物学实验室，没有做过一次测序的财务分析师，俨然把自己当成了分子生物学专家，以为靠恶补几天、半懂不懂读几篇文献就能比谁都懂测序，嘲笑起亲手跑过几十块测序胶的生物化学博士不懂测序、只在生化课做过测序，这本来就是很滑稽的一件事。而科学网推荐这种不懂装懂的骗人“科普”，就更滑稽了，难道他们办的是伪科学网？难道他们以为国内的分子生物学家都死光了？这也告诉我们，分子生物学、生物化学不是靠恶补几天就能搞懂，就能不懂装懂出来吓人的，即使你是天才，更不要说智商很低如寻正之流。

2013.12.11