施一公的清华团队在Science发表了错误论文怎么办？
7 07 2009年施一公的清华团队最近声称解析出了AdiC转运蛋白的晶体结构，论文发表在Science (2009 Jun 19;324(5934):1565-8).上，清华大学为此大肆宣传：
“施一公2008年正式回国，他曾任普林斯顿大学Warner-Lambert/Parke-Davis终身讲席教授，并且毅然谢绝了霍华德休斯研究中心研究员（HHMI）的聘请（入选HHMI被认为是生命科学领域的最高荣誉之一【方舟子按：原来生命科学领域又多出了一项最高荣誉，只要施一公沾上了即可】）。虽然施一公教授回国时间不长，但其领导的实验室已取得一个又一个的重要成果。这是继2008年末在Nature-Structural & Molecular Biology发表论文之后，时隔不到半年又在Science杂志发表的另一项重要研究成果。
这两项重大标志性成果是在国家和学校实施的“人才引进战略”和“985项目”的支持下取得的，是清华生命科学学科跻身世界一流征程中迈出的坚实一步。”http://news.tsinghua.edu.cn/new/news.php?id=20816
不料，美国布兰戴斯大学Christopher Miller的实验室（同样属“生命科学领域的最高荣誉之一”HHMI）差不多同时用更高的分辨率解析出了同一个蛋白的晶体结构，刚刚发表在Nature上(Nature, advance online publication 5 July 2009 | doi:10.1038/nature08201; Published online 5 July 2009)。蹊跷的是，其结果与施一公小组的截然不同，被施一公小组认为是这个膜蛋白底物的可能结合位点的氨基酸残基全都在其他地方，有着根本性的错误。
施一公在申请973项目时，保证在结题时要发表多少篇Science等级的论文，不知道这种为了证明“回国时间不长”的业绩发表的错误论文算不算数？还算不算“人才引进战略”和“985项目”的重大标志性成果？清华生命科学学科跻身世界一流征程中迈出的这一步还算不算坚实？
最后，我要顺便批评一下《科学新闻》双周刊的记者，他们在采访李政道时谎报军情。我们并没有因为施一公的美国身份就质疑他是否爱国，美国人当然也可以爱中国，我们质疑的是他做为一个放弃中国国籍、又拿高薪到中国工作的美国人，有什么资格把自己当成爱国模范来教育中国学生应该如何爱国。他去教美国学生应该如何爱国还差不多。我们也并不认为洋人可以拿高薪华人就不可以、洋人可以到中国工作华人就不可以，以前清华大学用百万年薪聘请一个洋人当一个月的系主任，我同样质疑过。至于李政道扯到什么洋教练，我只能说是离题万里。《科学新闻》还提出了一个论断：“只要是帮助我们国家科学事业发展的人，都是在爱这个国家。”如果我以“帮助我们国家科学事业发展”为由拿了中国纳税人大笔大笔的钱，却以垃圾乃至错误的论文交差，是不是也是“爱这个国家”？
附：
莫要歧视自己人
科学新闻：在中国的很多场合中，国籍和爱国似乎有一个因果关系。如今很多知名教授一腔热血要回国作研究，但经常碰到各种问题。比如清华的施一公，很早就成为普林斯顿大学的正教授，但他全职回国后就因为是美国国籍问题而受到责难。
李政道：只是因为他的美国身份，就质疑他是否爱国？
科学新闻：当然还因为他的高薪。
李政道：那假如他不是华人，会怎么样呢？比方你要请外国人来做某项比赛项目（运动队）的教练，比如黑人做教练，国人有没有意见？去年祖国在奥林匹克运动会筹备期间高薪雇了很多外国人，祖国因此多得了很多金牌。国人很高兴，那你能不能质疑外国人来这里干嘛？
是不是外国人来中国拿高薪没有意见，而华人来了就有意见呢？
很多外国教授和教练可以拿高薪，是不是华人就不能拿高薪呢，我觉得应该问这个问题。
科学新闻：只要是帮助我们国家科学事业发展的人，都是在爱这个国家。
李政道：如今因为是华人，而不是洋人，回国作科学研究就进行质疑，可能也是一种歧视。
这一出丑，以后就更难发表论文了。
布兰戴斯大学Christopher Miller的实验室的结果就一定对吗？施的清华团队就一定错吗？说问题能否专业一点。。。在结果没有证实对错之前能否少扣帽子。。即使有错误，学术争论也是容许的。
TOM，看到“更高的分辨率”没有？谁错的可能性大？
我同意楼上Tom的说法。博主是否能肯定布兰戴斯大学Christopher Miller的实验室的结果一定正确？
论文结果错误本身并没有什么，《科学》杂志既然接收，表明杂志社已近审批，承认了研究结果 。
之前同样在Science上发文的美国疾病控制与预防中心(CDC)表明，甲型H1N1流感病毒形态为的圆形。但发表不久日本东京大学医科研究所野田岳志在Nature 上撰文称，甲型H1N1流感病毒为细长形。CDC所拍照片被证明是该流感病毒的“断片”。报道称，此“断片”是因为CDC在拍摄前使用了离心分离机，导致流感病毒的部分“身体”与杂质一起被清除而造成的。 图片参考：http://life.lifesci.cn/html/2009-06/9543.htm
关注！
方先生能不能更详细，用更确凿的证据来科普一下哪个结论更可信一些。因为我们是门外汉，单纯一个分辨率的区别我们分辨不了。谢谢。
举报完全雷同论文，望核实：
房红（长春市中级人民法院）:载《长春日报》2008 年/12 月/3日/第 010 版 理论视界
何兵（中国政法大学法学院副院长、教授）：司法改革应落实人民性(下)载《南方日报》2008 年/11 月/20日/第 A13 版
策论
唉，施一公在放大镜下工作，压力之大可想而知，也真难为他了。方先生未免过了
Miller论文后面有个注，说明他们在发表前已看过施一公的论文。如果没有把握自己对了施一公错了，会发吗？错了就错了，还有这么多话好说？错误的论文发在《科学》上，同样是垃圾。
“被施一公小组认为是这个膜蛋白底物的可能结合位点的氨基酸残基全都在其他地方，有着根本性的错误”，这个错误严重到什么程度？是不是说明这个论文完全没有价值了？如果是的话还真应该尴尬了。
蛋白结构最重要的就是活性部位的结构，这个部位搞错了，论文就完全没有价值了。即使不愿撤稿，也成了不会有人正面引用的垃圾。
“只要是帮助我们国家科学事业发展的人，都是在爱这个国家”。这样的话只有中国的政治流氓才说得出，就像余秋雨所言“全世界都在纪念屈原”一样，对——是流氓嘴脸。当余秋雨说出那句话时，当时我找不到一个比较合适的词来形容他，现在我找到了——流氓嘴脸，是一个舔时政屁眼的流氓
中国人吹牛逼已经成性了，有五千多年的悠久历史了，中国的所谓文化大多也是吹出来的
温家饱也说过类似的一句话“……30年不变”，我觉得好像是在开玩笑，是玩笑话，不是吗？一个人执政最多两届，你有什么理由能保证30年不变呢！？哈哈哈—笑无声
方先生两次回复评论都用上了“垃圾”一词，感觉有些过了，总感觉方先生分析问题都很客观冷静，这次主观感情色彩有些重了。
呵呵，看来方先生要和这个施一公对到底了。二者都是高端人材，有点华山论剑的味道，好看！
Garbage in, garbage out
刚刚仔细读了这两篇。两篇文章都没有看到底物， 在3.2和3.6的分辨率下，结构都不
能称为精确，所以对于所谓的底物结合位点都只是通过结构分析提出的猜测。施的文章
里做了大量的生化测试，报道了4个定点突变的ITC结合数据与16个定点突变的转运结果
，Miller的文章报道了3个突变的转运结果。所以双方对于底物结合位点的讨论与其说
是根据结构，不如说是由生化数据推测的，也仅仅是推测。
两篇文章的结构大体相同，但在具体地方存在差异。施的结构是E.coli AdiC全长，在
两种条件下拿到P222和P1不同的空间群；Miller的结构是Samonella AdiC全长在有抗体
Fab的结合下做出来的，P1空间群。
关于底物结合，两篇文章里都认为Y93是重要的，Miller的文章中W293貌似是以前就报
道过的，施的文章里对此好像未加讨论；Miller的文章中另外一个W202施的文章里没有
讨论；施文章里影响转运活性的S26，Y74，Y87，E208，N219则是Miller没有讨论的。
双方的分辨率都只能是描述个大概，都达不到精确的程度。个人认为关于底物结合位点
生化数据更为靠谱。而这两篇文章由于没有就同一个残基得出相悖的生化数据，所以怎
么能就模型来判断文章的对错？lz这个标题委实有标题党之嫌。
这两篇文章读上去因为突变的氨基酸不同，提出的转运模型也不同，但说实话，我个人
认为双方都是为了提模型而提模型，我读完两篇文章，现在就可以提出第三种模型。不
过既然是模型么，只要不跟实验数据冲突，提100种也无所谓。
我倒觉得这两篇文章的差别会热炒下一篇—-底物结合结构。我在这里预测，不论谁做
出AdiC的底物结合结构一定又是Nature 或 Science，弄不好还是article.
东南大学能源与环境学院钟文琪老师违规参评2009年度全国优秀博士学位论文
今年三月中旬，正值2009年度全国优秀博士学位论文专家通讯评议的关键时期，东南大学能源与环境学院钟文琪先后到清华大学、上海交通大学、重庆大学、中国科技大学、华北电力大学、天津大学、哈尔滨工业大学、中科院青岛生物能源与过程研究所、西安交通大学、海军工程大学、山东大学等单位向相应的通讯评议专家打招呼、送礼金。五月份，正值全国优秀博士学位论文复审，他们又大面积地向复审专家打招呼。上述行为，严重干扰了评审专家的正常工作，破坏了全国优秀博士学位论文评审的公正性。
to 游客：
他的ITC除了能支持观察到binding以外，还能支持什么？
如果有多个binding的位点。一张ITC能支持什么？
请解释一下你认为ITC跟可信的理由。
Hi, Dr.Zouzi Fang:
How do you do!
I am very sorry for not being able to input Chinese in my computer. But I think I have something to say. Therefore, I am trying hard here to make myself clear. If I am wrong, please feel free to correct me.
Personally I have not met you before.However, I always look forward to reading your scientific essays on the “XYS” website. A lot of people like me admire your courage to fight against the scientific misconduct in China and appreciate your efforts to provide the wonderful platform for communication. Very best luck with your work.
My topic is about Shi yigong’s new Science paper on AdiC transporter. Firstly I am not one of his fan. On the contrast, I have different opinions about what he has done so far in China, including not only his social events but also his scienfic visions, as many people who are discussing on “XYS”.
Why I pay attention to his new paper is that you posted an essay yesterday saying that his paper could be wrong and was appealing for further investigation. I am not fully sure about what kind of investigation you want to propose. According to your essay followed by Yan yang’s even emotional comments, that could be some “misconduct-like” investigation, which I do not think is necessary.
Once again, I want to make myself clear that I am not his fan. The purpose of this email is purely for scientific discussion. I think his paper is a very good paper since I was trained as a crystallographer and am still in this field. I list the main conclusions in the following:
1) The superposition of Shi Yigong ’s AdiC structure with Chris Miller’s structure indicates that they are almost the same(more than 90%), except for some flexible loop regions outside the main helix bundle core. It is uderstandable that you may get slightly different conformations when it comes to membrane proteins, especially when you are using differenct ditergents and crystallizing them in different conditions using different methods.
2) In the opinion of crystallographers, 3.2 angstrom resolution is more or less that same as 3.6 angstrom resultion. They are the same low resolution structures and have very similar refinement parameters, indicating they are both right and have the same quality.
3) In terms of the functional studies to support the structures, They are both excellent even Shi yigong did slightly better. Since the structure is remarkably similar to that seen in several Na+ transporters and the complex structure of Na+ transporter is available, the structure alignment itsself suggests a conserved binding pocket, including key residue Y93. One could reasonably imagine that Adic, the Arginine transporter, should have a bigger binding pocket involving a couple of residues because it transports bigger substrate like L-argnine rather than Na+ ions. The mutation studies from both papers verified the role of Y93. Chris Miller’s paper suggests two more residues, W202 and W293. SHi Yigong’s paper used more mutants and identified E208 and Y365. First thing is that the transporting assays in two papers are very solid using different mutants. Why did Dr.Fang conclude that Shi’s Science paper is wrong? I guess you think these residues are not consistent with each other. Two things can explains this discrepancy. One is: Chris miller ’s AdiC structure is from Salmonella, and Shi’s AdiC is from E.coli. Although the amino acid sequence is 95% identical. They still have many different residues. Let us say, the W293 in Chris Miller’s structure is corresponding to Serine289 in Shi’s structure. It is reasonable that these two transporters could share some residues but also use different residues. Another thing is very like the story about the indian blind and the elephant. Let us assume that 10 residues would be involved in the transportation. It is not surpurising that Chris Miller indentified these three and Shi’d identified the other several. By the way, I want to make a comment here that Shi yigong proposed a role for E208 in the binding of L-arginine, which is new and very juicy.
4) The last thing is that both papers need a complex structure to nail down the exact mechanism. As for a Chinese, I do hope that Shi will get it at first. IT could have very important pharmaceutical meanings, for example, structure-base drug design could provide a specific inhibitor to block these two virtual proton pumps, thus kill the enteric bacteria.
Thanks a lot for your patient and time to read this. Many more thanks if you are willing to post it one “XYS”.
All the best to you,
Yours sincerely,
China-101
NATURE文章的作者在文章发表前给施一公写过信，指明了两篇文章的异处。施的文章由于分辨率低，的确在关键的几个HELIX 有错。其实，这种错误在这一领域并不少见，真正的科学家应勇于承认。但遗憾的是，施拒不承认他们错了。他现在处在心里知道错，但嘴上坚决不认的尴尬地步。＂游客＂的评论写得不错。两篇文章都没有底物，所以在底物结合位点这一问题上，谁都是在推测，无所谓谁对谁错。但晶体学是要搞清楚蛋白质的各个氨基酸残基在三维结构中的具体位置，施一公错在最关键的与底物结合有关的几十个氨基酸残基，整个位移了３－４位。这样一来，他认为是重要的面向底物的氨基酸残基，实际上在对的结构中根本就是与底物结合无关。如有兴趣，可以到PDB里去对比这两个结构，孰是孰非，显而易见。
Dear Dr.Fang zhouzi;
How are you?
Yesterday I emailed you about shi’s new science paper. Last night I really scrutinized these two structures based on their density map.
Now I have slightly different conclusions now, which I listed below for clarification. I am also sorry for any misleading.
1) The mutation studies from both papers are correct, which can be obtained without the structures. The key residues are W93(the common residue in both papers), W202, W293, plus two more residues identified in Shi’s paper, E208 and Y365. Actually, all these five residues are close to each other in the 3-D structures, indicating that they all are involved in the substrate binding or the opening of the binding pocket, which is also waiting for the substrate complex structure to further prove.
2) When it comes to the structures, Chis Miller’s structure is totally correct, resulting in the correct positioning of all the residues. Basically, SHi’s structure is 40% wrong. Why I say this? The reason is that Shi’ group correctly positioned the residues from 1 to about 160, but they were wrong after the point in terms of side chain asignment because the poor density map of shi’s structure did not allow this fine assignment. Even worse, when shi’s group built the structure model, they shifted the entire structure about 10 angstom like you translate your tea cup a little bit on you desk. That is why Chis Miller mentioned that there is a 3-4 residue shift in shi’s structure.
Although shi did not purposely to make such mistake, this is a huge mistake in this field.
To to a very strict crystallographer, the proper way is just to assign the main chain atoms if you can not see the side chain atoms in the density map and check all the validation parameters to make sure the main chain position is right. Apparently, SHi’s graduate student or he himself did not pay enough attention to model building.
3) No more words can be added to the scientific stringence. Shi should admit this misrake and respond to this. We will see!
Have a nice summer,
Jerry Ni
方先生，我以前挺尊重你的，也经常看你的文章。可是自从施一公回国后，你总是和他对着干，我对你的印象就很差了。
我先声明，我是施一公的粉丝。早在其回国前，我也在美国的时候，因为读了一些他发表的文章，感觉他真是了不起。有好事同事去查了他的博士老板对他的评价，讲他如何聪明而且刻苦，施顿时成为当时很多中国留学生的偶像。
施一公为什么想回国，像我这样的俗人不是很能理解，如果施先生说是因为爱国，我也愿意这么认为。如果方先生仅以小人之心，推测施先生不可能爱国，是非常不厚道的，并且你也没有这样的权利。
施先生未关闭美国实验室，先在中国拿了杰青，我非常能理解，因为绝大多数我周围的中国人都是这么做的。先不要完全断了后路，因为不知道中国的科研环境怎么样。如果方先生以此打击施先生，我觉得只会让后来的回国人员胆怯。如果连施先生这样的大牛回来，都受到打击报复，小人物如何敢回来。
关于这篇science论文，如果方先生自认为是专业人士，请向science编辑部提出要求撤稿；如果方先生自认为不是专业人士，请闭上您的尊口。在专业人士得出结论之前，谁都没有权利主观臆测。miller先生的那篇nature文章，并没有指出science 文章就是错的，只是有不同结果。我们的科研结果，不管发表在什么杂志上，都不一定是真理，都要经受时间的检验。施先生可能在这一领域不是权威，但是权威的意见未必总是对的，科研的意义就在于我们要挑战权威。如果仅有一家之言，科学如何能进步。正是在争议中，我们的科学不断地进步。
没有任何人有权利判断别人，方先生在这篇博客中用的都是判断性语言，这纯属人身攻击，只会使自己成为跳梁小丑。
不要看到别人做出成绩，就嫉妒，说什么985政绩什么的。论文是施先生团队努力的结果，是垃圾还是硕果，自有时间去考验，请方先生不要忙着搞人身攻击。
自称粉丝的人智商往往不会高到哪去，判断力低下。
zheng-shiming@163.com
1.毛泽东早就说过，团结一切可以团结的力量。不管是国人，华人还是洋人，帮助我们做实事就要热烈欢迎。
2.做国人还是华人是人家的自由，帮中国做事还是帮外国也是人家的自由，但是帮中国做事说明他有道德。
3做事是一回事，犯错是另一回事。不犯错就没有科学。更何况谁能确定到底错没错？见到洋人的实验结果与我们的不同就得自我怀疑吗？请勿自卑
我觉得科学的问题需要从不同的角度去解读，而且一个定理或者推论被证实也是需要有个时间过程的。
好比：
問: 水是液體還是固體?
小學生: 液體.
中學生: 0度以下為固體, 0-100度為液體, 100度以上為氣體.
請問方舟子先生你回答了什麼?
条件限制出现偏差可以理解。最好要改掉浮躁的心态。lz说垃圾没错。只是听者感觉确实不爽啊。所以LZ在此也有浮躁嫌疑。
关于爱国这里不好多议。你不是美国国籍去帮美国人干事。呵呵。我想那比爱国更高明了。那是国际共产主义了。
越来越扯淡了。
爱不爱国这种鸟事我管不到，实际焦点在于施老师是不是骗纳税人的钱，这取决与施老师的结果的正误，以及通过这一过程预测施老师还能不能再对得起纳税人的钱。
爱不爱国，这东西本来就扯淡，爱家乡是人之常情，施老师肯定爱，可是$是不是回国的理由，但是我们做的只能是推测，根本不能验证甚至估计可能性，推测的目的就是服众，不过现在来看不太可能实现这个愿望，因为事实上施老师在很多人眼里还是正面的，至于犯错，那也是“科学研究不可避免的（如果被大多是人知道）”，事实上这种行业内部的问题，大多数人不可能知道，大多数人的信息来自那种接口媒体，但这里是施老师的天下,只要他有'’发表过'’这个噱头，就够了，因为这是面向大多数的唯一的事实，不会有后续报道（当然他变得更好的话除外）
关于教育榜样的问题，在于：成不成教育榜样不明显依赖榜样本身，而是大幅度依赖于GOV想不想让他成为榜样，GOV需要一个榜样，他可以让大部分人相信，这就够了，他是狗屎都无所谓，给他钱就是让他做榜样的。