与
虽然（1），但是（2）。
不但（1），而且（2）。
语文老师教我们前一句表示转折，后一句表示递进，有很大的不同。但是在逻辑上都表示“与”，即（1）是真的，同时（2）也是真的。从逻辑上看“虽然–但是”和“不但–而且”是等价的。
不过从用词的角度隐含了一个概率关系：“虽然–但是”假设了（1）和（2）同时发生的概率小；“不但–而且”假设了（1）和（2）同时发生的概率大，并且（2）有可能真包含于（1）。
例如我们一般会说“天不但打雷了而且下雨了”，而不会说“天虽然打雷了但是下雨了”。尽管有干打雷不下雨的，我们还是认为打雷一般会下雨。所以我们不会说“天虽然打雷了但是下雨了”。
2009年7月5日于10:43
似乎和概率没有直接关系，主要是和人的主观意愿有关。比如：某甲虽然积极配合治疗，但是癌症还是夺去了他的生命。这种癌症如果是恶性的，可能死亡的概率很高，但是这里仍然会用“但是”。我们认为打雷通常会下雨，是一种主观意愿。
2009年7月6日于14:18
的确同主观意愿有关，我认为这是从另一个角度看问题。作为一个理性的人，这种意愿应该同事件的期望值正相关。我是想从可度量的角度看这种关系。
相对于普通治疗，我们认为积极配合治疗后死亡的概率会更小，这时我们才用“但是”。
2009年7月6日于15:16
那么“我很丑，但是我很温柔”呢？“结果不满意，但是有进步”呢？“我认为某些中药可能有疗效，但是这必须经过现代医学方法的检测才能确定”呢？再生造个句子：我们都希望明天天气好，能去郊游，但是第二天雨下了一整天。
似乎不一定有概率关系。
2009年7月7日于20:37
丑隐含着萎缩或者张狂，温柔的概率很少；
不满意隐含着没有变化或者退步；
有疗效隐含着经过验证；
我们希望明天天气好，一定希望好天气的多于坏天气。
还有很多“虽然但是”不涉及人的感情。比如虽然水很软，但是时间长了还是可以穿石。虽然样品缺陷很多，但是还能承受很大压力。
2009年7月7日于22:55
真的都和概率有关吗？
比如：某某虽然身高达标，但是体重超标，因此没被选中。
一般情况下，人身高越高，体重相应的也越重，身高达标（只要求身高底线）的人中，体重超标的概率会比身高不达标的更高。（比如假设共有6个人，其中1人身高体重都达标，2人身高达标而体重超标，2人身高不达标而体重达标，1人身高体重都不达标。）
不和人的感情有关的，比如你说的滴水穿石，只要有“时间长了”这个条件，概率可以说是100%。
2009年7月9日于7:55
我是想寻求“虽然但是”和“不但而且”的共同与不同，共同的是表示两个判断都对，是“与”的关系，都可以用“并且”来代替。不同点呢？我认为主观愿望的大小不是很合适，因为可能是对事实的陈述，不涉及主观愿望。“虽然但是”和“不但而且”相比，在前面一个判断为真时，后一个判断更不容易为真。
虽然滴了很长时间的水，但是石头上都有一个洞。
不但滴了很长时间的水，而且石头上都有一个洞。
那一句更合理？
2009年7月9日于13:04
我认为这些词都是为了人的理解方便才用的，主要是照顾人的思维方式，因此都是根据人的主观意愿使用的，虽然人的主观意愿常常与客观事物相符合，因此常常体现出概率大小等特征，但这样的情况并不是一般情况。“但是”和“而且”都是要强调后面这个分句要表达的意思，便于听者和读者理解作者要表达的意思。
软的东西不能把硬的东西穿透，是人的经验（时间问题被忽略了）。说滴水石穿时用“但是”，是因为这是和人的直接经验相违背的。
至于你上面说的两句话，我认为那句都有语病，更合适说法是：
只要滴水的时间足够长，无论怎样坚硬的石头，都能被水穿出洞来。